Apple于1986年1月推出了全新的System 3

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System 3于1986年1月推出Mac Plus，与Plus一样，它改变了Mac爱好者使用电脑的方式。这是系统软件自诞生以来最明显的升级，在功能和视觉上的变化仅次于System 7和macos 8，同时这也是自System 2以来的巨大变化。

System 3是第一个完全支持Hierarchical File System的操作系统（System 2.1中首次与Apple的HD20硬盘一起推出，但未公开发布）。HFS比旧的Macintosh File System更有效，更易于使用且设计更可靠（MFS）。HFS的主要优点是可以嵌套文件夹（将文件夹放入文件夹中），MFS仅允许您在根级别创建文件夹，它们不会出现在“打开/保存”对话框中，并且在重建桌面时会丢失。HFS可以解决这个问题，它允许您创建许多嵌套文件夹，从而可以在系统范围内更好地进行组织，而不仅仅是在Finder中。

System 3受到了很高的重视，后来又赢得了InfoWorld杂志的“年度OS环境”的“People's Choice Award”奖项。HFS最终在Mac OS 8.1中被HFS Plus取代，后者可以根据最大硬盘容量更好地计算文件大小，并且一直通过macos 10.12被Apple以更新的形式使用。

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OS X系统上的 Pages 是苹果公司多功能办公软件套装AppleWorks的继承者。早在2003年就开始在网上有信息流传称苹果公司将出品一款新的文字处理器来替代 AppleWorks，而且新软件包的名称很有可能是 "iWorks" 或者 "iWork"。之后众多的麦金塔电脑用户期望新的程序在2004年问世，可是苹果公司CEO史蒂夫·乔布斯直到2005年初才终于发布iWork '05 和iLife '05。

Pages Software电脑公司曾经有个一样名字的软件用于NeXT电脑，包括相似的所见即所得页面排版性能。后来在1997年苹果公司兼并了NeXT，所以人们认为这两个程序有同样的代码基础。尽管如此，据说Pages Software公司的NeXTSTEP 包一开始只是给一个芝加哥的IT解决方案公司做的。不过OS X 的Pages程序和 Keynote是同一个团队开发制作的。